虽然巴西龟是最轻易养，也最不抉剔的水族箱养殖动物，然而有一个缺陷：它们分泌太快大多，加上温度高，残余的饲料轻易糜烂，因此水老是发臭。

才换过水两天，又酿成一池浑汤，连巴西龟都简直看不见了，这是由于单胞藻繁衍的原因，水中养份充分、温度合宜，绿藻养繁衍极速。

多少试验试图以化学物资坚持池水廓清，但后果并不睬想。用CHlNOSOL（一公克对三十公升水）虽可使水保持一星期廓清、不发臭，但被龟搅动起来的碎屑和糜烂的粪便即便水质更脏。

巴西龟长久生活在这种水质中，能否无益大肠菌还没有定论，而这种有化学药物的水能否有伤及动物内脏器官也没有掌握，因此最好仍是不必化学药物。

最简略的方法是完全换水。餵食后四小时把旧有脏水放掉、抽掉、倒掉。而后以中等硬度的刷子和清水洗擦容器四壁和底面。荡涤时先把巴西龟放到一个塑胶盆里或池畔的海洋上–固然是跑不掉的处所。

注入温度适合的清水后再把龟放回水中。有些品种的池沼龟或水龟不太能顺应完全换清水，但巴西龟不久便能习气於这种作法和给它带来的搅扰。

完全换水仍有一个缺陷二会诱使彩龟加快排尽肠中粪便，把刚换过的水又弄脏了，因此最幸亏换水后不久观察一下养殖箱（池），把粪便肃清。

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